La diffusione incontrollata della conoscenza è stata quasi sempre e dovunque vissuta come una minaccia, per la morale e per il mantenimento dell’ordine costituito. E anche oggi, in molti paesi i libri continuano a godere del sospetto dell’autorità, sia per il loro potenziale contenuto rivoluzionario, che per la possibilità che informazioni delicate possano passare nelle mani «sbagliate». Dal punto di vista opposto, i libri sono spesso stati percepiti come un ostacolo per l’affermazione e il prevalere di idee nuove, estreme e/o prevaricatrici.

Nella storia del genere umano, le religioni hanno spesso manifestato la loro insofferenza per la circolazione autonoma delle idee e dei libri che le contengono. In particolare la Chiesa Cattolica si è distinta per secoli per un duplice rapporto di amore-odio nei confronti dei libri. Nei secoli bui del Medio Evo, i monaci delle abbazie si incaricarono delle conservazione di migliaia di volumi e li riproducevano, in un'età in cui la stampa non esisteva ancora, ricopiandoli a mano. Per contro, chiusi nelle biblioteche delle abbazie, difficilmente questi libri potevano essere consultati se non dagli stessi monaci e dalle persone che godevano della loro fiducia.
Il resoconto documentale più antico che riguarda un’iniziativa violenta nei confronti dei libri, si trova negli Atti degli Apostoli, in relazione all’attività di San Paolo, durante la sua visita a Efeso: «Molti di quelli che avevano abbracciato la fede, venivano a confessare in pubblico le loro pratiche magiche e un numero considerevole di persone che avevano esercitato le arti magiche portavano i propri libri e li bruciavano alla vista di tutti. Ne fu calcolato il valore complessivo e trovarono che era di cinquantamila dramme d’argento» (19:19).

Il primo atto ufficiale nei confronti della circolazione dei libri, nella storia della Chiesa, fu il decreto di Papa Gelasio I (496 c.ca), che conteneva una lista di libri, ripartita tra libri raccomandati e libri proibiti. Tuttavia, per il primo indice ufficiale bisogna attendere più di mille anni, Alessandro Farnese, che salì al trono pontificio col nome di Papa Paolo III (1534-1549), e l’Inquisizione Romana. Questa fu istituita per combattere il protestantesimo e, in un periodo in cui la Spagna dominava quasi interamente l’Italia del Nord, per controbilanciare l'eccessiva severità della Inquisizione Spagnola, resa tristemente famosa da Tommaso de Torquemada (1483). Primo grande inquisitore e padre domenicano, al pari di Giordano Bruno (il quale finì i suoi giorni sul rogo nell'anno 1600, vittima, non carnefice, della versione romana dello stesso meccanismo repressivo), de Torquemada faceva largo uso della confisca dei beni e della tortura per terrorizzare le sue vittime e si dice che mandò al rogo non meno di duemila persone.
Durante il papato di Paolo III, un ambizioso prelato di origine toscana, Giovanni Della Casa (1503-1556), autore tra l’altro del celebre Galateo (1553), viene nominato vescovo di Benevento e gli viene affidata la nunziatura pontificia di Venezia. Per cinque anni il Della Casa, che aspira alla porpora cardinalizia, s'adopera in attività inquisitoriali, in netto contrasto con l’autorità giuridica veneziana, tendenzialmente indipendentista. In particolare, usa ogni mezzo per incastrare il vescovo di Capodistra, Pier Paolo Vergerio, che accusa di eresia e coinvolge in un estenuante processo.

Nel frattempo, il Della Casa intraprende altre iniziative, come la prima proposta di redazione dell’Index librorum prohibitorum. Pubblicato a Venezia nel 1549, questa proposta includeva Il beneficio di Cristo e L’alfabeto cristiano di Juan de Valdés. L’Indice, tuttavia, offre il fianco a una controffensiva del vescovo di Capodistria, che rimprovera al Della Casa di aver fatto parte, nei suoi trascorsi di gioventù, dell’Accademia dei Vignaiuoli, un gruppo letterario romano che praticava l’allusività oscena, di cui fece parte anche il Berni.

Nonostante il Della Casa riuscisse alla fine a spuntarla sul Vergerio e a farlo condannare, questi si sottrasse alla sentenza, riparando in Svizzera. Inoltre, alla morte di Paolo III, Giovanni Della Casa perse la protezione dei Farnese e con essa la nunziatura di Venezia. Papa Giulio III (1550-1555), un moderato di impostazione rinascimentale, limitò ulteriormente la giurisdizione del tribunale dell’Inquisizione ai soli fatti che avvenivano all’interno dei confini della Penisola.

Così la prima edizione ufficiale dell’Index librorum prohibitorum fu pubblicata soltanto nel 1559 dalla Santa Congregazione dell’Inquisizione Romana, sotto il papato di Gian Pietro Carafa, ovvero Paolo IV, un papa spietato e sanguinario a cui si deve, tra l'altro, l'istituzione del ghetto ebraico di Roma. Vi primeggiava il Decameron di Giovanni Boccaccio, ma non mancava neppure Il Novellino di Masuccio Salernitano. Nel corso dei quattro secoli della sua storia fu aggiornato venti volte per impedire la contaminazione della fede e la corruzione della morale attraverso la lettura di libri teologicamente sbagliati o immorali. Esso conteneva quindi l’elenco dei libri considerati pericolosi dall’autorità ecclesiastica per la fede e la morale dei cattolici.

Fino a tutto il 1966, la legge canonica ha prescritto che ci fossero due forme di controllo sulla letteratura: la censura preventiva sui libri scritti da cattolici in tema di morale e/o di fede, il celebre «imprimatur» tuttora in vigore ai giorni nostri, e la condanna di libri giudicati offensivi, contro i quali sia chiesto l’intervento dell’autorità ecclesiastica, l’Index, appunto, la cui ultima edizione, la ventesima, fu redatta nel 1948. In essa vi comparivano Balzac, Berkeley, Cartesio, D’Alembert, Darwin, Defoe, Diderot, Dumas (entrambi), Flaubert, Heine, Hobbes, Hugo, Hume, Kant, Lessing, Locke, Malebranche, Stuart Mill, Montaigne, Montesquieu, Pascal, Proudhon, Rousseau, George Sand, Spinoza, Stendhal, Sterne, Voltaire, Zola. E tra gli italiani Aretino, Beccaria, Bruno, Benedetto Croce, D’Annunzio, Fogazzaro, Foscolo, Gentile, Giannone, Gioberti, Guicciardini, Leopardi, Marini, Minghetti, Monti, Ada Negri, Rosmini, Sacchetti, Sarpi, Savonarola, Settembrini, Tommaseo, Pietro Verri e anche il Teatro comico fiorentino; inoltre era all’Indice qualsiasi volume non autorizzato che trattasse di storia della massoneria o dell’Inquisizione e le versioni non cattoliche del Nuovo Testamento. Nel decennio successivo furono aggiunti tra gli altri Simone de Beauvoir, Gide, Sartre e Moravia.
Nel 1908 Pio X, nel corso della riorganizzazione della curia, tracciò una riga sulla parola «inquisizione» e da quel momento la congregazione incaricata di mantenere la purezza della fede cattolica si chiamò «Sant’Uffizio».

Anche le competenze della congregazione preposta all’elaborazione e all’aggiornamento del libri proibiti furono trasferite nel 1917 al Sant’Uffizio, nuovamente rinominato nel 1965 da Papa Paolo VI «Congregazione per la Dottrina della Fede», il cui obiettivo primario è di promuovere l’ortodossia cattolica e di difendere i diritti di tutti coloro i quali siano accusati di venir meno a tal riguardo.
Nel 1966 l’Index librorum prohibitorum fu infine definitivamente soppresso.
I documenti relativi ai procedimenti condotti dalle congregazioni dell’Inquisizione e dell’Index, ora contenuti nell’archivio del Sant’Uffizio Romano e custoditi dalla Congregazione per la Dottrina della Fede, furono integralmente trafugati a Parigi dall’esercito napoleonico (1916-17), il che causò la perdita della quasi totalità delle serie processuali. Le intemperanze perpetrate durante la breve esperienza della Repubblica Romana (1849) causarono altre perdite. Tuttavia l’archivio della congregazione preposta all’Index risulta intatto e, dal 1998, è consultabile da parte di chiunque, dotato di una laurea o di un titolo non italiano equivalente, sia in grado di provare di appartenere ad un’istituzione accademica, senza distinzione di Paese, di fede religiosa o di pensiero.